El auditor interno en las organizaciones cumple un papel fundamental por ser la persona que tiene la capacidad y el conocimiento necesario para realizar con eficiencia, la evaluación de  los diferentes procesos de la empresa con  el propósito que esta se vuelva más efectiva en su cadena de productividad, minimizando riesgos y los costos en la empresa.

Con la aprobación del primer Plan Estratégico en el año 2000, se tenía como uno de los objetivos establecer el sistema de gestión de calidad en la producción y venta de servicios de reparación de elementos de turbinas hidroeléctricas, el contar con personal calificado en estas áreas del mantenimiento fue una ventaja competitiva desde los orígenes de la CNFL, otro de los objetivos estratégicos en ese momento fue implementar el sistema de gestión ambiental en una planta hidroeléctrica, mismo que se estableció en la P.H. Daniel Gutiérrez y luego se extendió a toda la CNFL, de igual manera en ese primer ejercicio de planificación estratégica se tenía el objetivo de acreditar el laboratorio de medidores.

Los primeros auditores en su mayoría eran jefaturas que por sus funciones no podían dedicar tiempo a esta labor por lo que poco a poco fueron sustituidos, en los años 1998 y 1999 este grupo pionero conformado por 20 auditores entre los cuales aún relacionados a estos temas se pueden nombrar a Humberto Guzmán, Minor Arce, Ronald Wright, Leticia Campos y Gina Rojas, este primer grupo recibió por  parte de la Universidad de Costa Rica, capacitación de alto nivel en calidad y ambiente.

Cabe mencionar que las auditorías internas son el mecanismo para dar cumplimiento a la implementación de los requisitos de las normas internacionales de referencia utilizadas en la CNFL tales como, ISO 9001 para Calidad, ISO 14001 para Ambiente, ISO 45000 para Salud y Seguridad, INTE 12-01-06-2016 Norma para demostrar la Carbono Neutralidad, así como ISO 17025 para acreditación de laboratorios.

Actualmente la CNFL cuenta con 56 auditores calificados y 26 auditores en formación en las diferentes normativas.